Pode já não aguardar a chegada dos piratas, mas continua a manter na sua posição defensiva.
Desde a Idade Média que a proteção da foz do rio Ave preocupava os governantes de Vila do Conde. Havia um porto de pesca e estaleiro naval, pelo que a defesa da barra do rio face aos ataques de pirataria era fundamental. Por ordem do infante Afonso Sanches, filho de D. Dinis, foi edificada uma torre junto à Ermida de Nossa Senhora da Guia, na foz do rio. A sua eficácia na defesa do rio foi-se tornando insuficiente e D. Duarte, senhor de Vila do Conde, mandou edificar, nos finais do século XVI, uma fortaleza no mesmo local, cuja traça é atribuída ao engenheiro Filippo Terzi. A estrutura do forte insere-se na tipologia utilizada na arquitetura militar da época. De planta poligonal, a fortaleza possui cinco baluartes. Sobre a porta de armas, com moldura em arco de volta perfeita, foi colocado o escudo de armas de Portugal. O plano original, que incluía um fosso, nunca foi integralmente implementado. Excluindo esse facto, as obras foram terminadas em Novembro de 1793.
Depois de 1834 o Forte de São João Baptista deixou de ter guarnição, sendo a partir de então utilizado para o registo de entrada e saída de embarcações da barra do Ave. Quase votado ao abandono no século XX, foi recuperado na década de 90 através do aproveitamento do espaço para a edificação de uma unidade hoteleira.